Forskere opdager næsten 2.000 nye tarmbakterier
Ifølge talrige nylige undersøgelser er menneskelige tarmbakteriepopulationer i stand til at påvirke forskellige aspekter af vores fysiske og mentale sundhed. På trods af dette forbliver mange bakterier “ikke kortlagt” af forskere. En ny undersøgelse har nu afdækket ca. 2.000 tidligere ukendte tarmbakterier.
Nylige undersøgelser dækket af Medicinske nyheder i dag har vist, at tarmmikrobiota kan have en rolle i Parkinsons sygdom og demens, og de kan forklare, hvorfor type 2-diabetesmedicin fungerer godt for nogle, men ikke for andre.
Ny forskning - vises i går i tidsskriftet Natur - har nu identificeret næsten 2.000 nye tarmbakterier, som forskere aldrig har dyrket i et laboratorium før.
Teamet af efterforskere fra European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) og Wellcome Sanger Institute, begge i Hinxton, Storbritannien, brugte beregningsanalyse til at vurdere tarmmikrobiomprøver fra deltagere over hele verden.
”Beregningsmetoder giver os mulighed for at forstå bakterier, som vi endnu ikke kan dyrke i laboratoriet,” forklarer studieforfatter Rob Finn fra EMBL-EMI.
”Brug af metagenomics [analysen af genetisk materiale] til at rekonstruere bakterielle genomer er lidt som at rekonstruere hundredvis af gåder efter at have blandet alle brikkerne sammen uden at vide, hvordan det endelige billede er beregnet til at se ud, og efter at have fjernet et par stykker helt bland bare for at gøre det lidt sværere, ”fortsætter han.
Finn fortsætter dog med at bemærke, "Forskere er nu i et stadium, hvor de kan bruge en række beregningsværktøjer til at supplere og nogle gange vejlede laboratoriearbejde for at afdække ny indsigt i den menneskelige tarm."
En ny tilgang
Holdet var i stand til at rekonstruere 92.143 genomer ud af prøver fra 11.850 forskellige tarmmikrobioter.
Dette tillod forskerne at identificere 1.952 arter af tarmbakterier, som de og andre ikke havde kendt til indtil dette tidspunkt.
Finn og kolleger forklarer, at mange bakteriearter har ”opretholdt en lav profil”, så at sige, fordi forskere kun har fundet dem i meget lave antal i tarmen, eller de kan ikke overleve uden for tarmmiljøet.
Dette bemærker de, har hidtil forhindret forskere i at tilføje sådanne arter til deres liste over tarmbakterier, de kender til. Denne grund er også grunden til, at holdet, der gennemførte den aktuelle undersøgelse, besluttede at tage en ny rute - og bruge en kombination af beregningsmetoder til at prøve at komme med et mere omfattende "kort" over den menneskelige mikrobiota.
"Beregningsmetoder giver os mulighed for at få en idé om de mange bakteriearter, der lever i den menneskelige tarm, hvordan de udviklede sig, og hvilken slags roller de kan spille inden for deres mikrobielle samfund," siger studieforfatter Alexandre Almeida.
Mod at skabe 'en solid plan'
”I denne undersøgelse,” forklarer Almeida, “udnyttede vi de mest omfattende offentlige databaser med gastrointestinale bakterier til at identificere bakteriearter, der ikke er set før. De analysemetoder, vi brugte, er meget reproducerbare og kan anvendes på større og mere forskellige datasæt i fremtiden, hvilket muliggør yderligere opdagelse. ”
I fremtiden håber forskerne, at denne og lignende undersøgelser yderligere vil hjælpe deres forståelse af den menneskelige tarm, hvilket igen vil bidrage til at udvikle bedre behandlinger under en række forhold.
"Forskning som denne hjælper os med at skabe en såkaldt plan for den menneskelige tarm, som i fremtiden kan hjælpe os med at forstå menneskers sundhed og sygdomme bedre og endda kunne vejlede diagnose og behandling af gastrointestinale sygdomme."
Studer medforfatter Trevor Lawley fra Wellcome Sanger Institute
På samme tid bemærker holdet, at den nuværende undersøgelse har gjort forskerne mere opmærksomme på et stort hul i forskning omkring tarmbakterier.
Forskere ved i øjeblikket relativt lidt om bakteriearter, der er karakteristiske for andre populationer end dem, der bor i Europa og Nordamerika, understreger efterforskerne.
”Vi ser mange af de samme bakteriearter vokse op i data fra europæiske og nordamerikanske befolkninger. Imidlertid afslørede de få sydamerikanske og afrikanske datasæt, vi havde adgang til til denne undersøgelse, en betydelig mangfoldighed, der ikke var til stede i de tidligere befolkninger, ”bemærker Finn.
”Dette antyder, at indsamling af data fra underrepræsenterede befolkninger er afgørende, hvis vi ønsker at opnå et virkelig omfattende billede af sammensætningen af den menneskelige tarm,” tilføjer han og opfordrer forskere til fortsat at fokusere på mere forskellige kohorter fremadrettet.
